R画图已入门，怎样进阶？

《想学画图、数据处理，先学哪些R包？看哪些书？》推荐了两本书，帮你入门，今天小丫来Y叔叔这里班门弄斧——谈谈目前我找到的进阶之路，请Y叔点评。

画图系统

R画图，常见两种画图系统：

1. 基础图形系统，俗称base，以为自己没用R包，其实有个幕后英雄——R包graphics
   

2. 网格图形系统，R包grid。常见的ggplot2、pheatmap、complexheatmap，都基于这个画图系统。

理解了画图系统的概念，找起资料就有章可循了。

基础图形系统的进阶

STEP1：看例子，demo(graphics)

STEP2：学函数的用法，library(help = "graphics")。或者看网页版http://search.r-project.org/R/library/graphics/html/00Index.html

STEP3：跟着R包里的函数学习，看R包里的画图函数是怎样一步步实现的。例如做lasso时用到的glmnet包，自带的画图函数不完美，琢磨怎样改才能达到自己想要的效果，在改的过程中学习和理解。


网格图形系统的进阶

STEP1：ggplot2进阶，从《R数据可视化手册》知其然，从《ggplot2:数据分析与图形艺术》知其所以然。

STEP2：grid进阶，读《R绘图系统》，最早是看到Y叔推荐，吃灰两年，终于等到小丫开窍。最近作者用grid重写了base graphics，函数名相同，两个系统的语言对比着看，快速理解grid。
https://github.com/pmur002/gridgraphics/tree/master/R

STEP3：跟着白话文实践。在biobabble里搜grid，结合实例进一步理解，融会贯通。例如：

《树变图，图变树？》
《听说你想把Gviz画的基因结构转成ggplot?》

STEP4：跟着R包学。ggtree是个活教材，还有电子书：
https://yulab-smu.github.io/treedata-book/

画图要我说，就是多画着玩。另外提到基于grid的包，我觉得不能漏了lattice。

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